“분명 3.3% 떼고 받았는데... 왜 세금을 1,000만 원이나 더 내라고 하죠?”
AI 핵심 요약
3.3% 원천징수는 세금 납부의 끝이 아니라 '임시 선납'에 불과하므로, 5월 종합소득세 신고 시 연간 소득 합산과 누진세율 적용으로 인해 발생하는 추가 세금 납부에 대비해야 한다.
3.3%는 세금의 끝이 아니라 시작입니다.
“나는 매번 3.3%를 떼고 받았는데 왜 세금을 더 내야 하죠?”
매년 5월 종합소득세 신고 시, 많은 프리랜서·대진의들이 가장 혼란스러워하는 질문이다.
핵심은 단 하나 - 3.3%는 ‘최종 세금’이 아니라 ‘임시 원천징수 세금’이라는 점이다.
매년 5월 종합소득세 신고 시, 많은 프리랜서·대진의들이 가장 혼란스러워하는 질문이다.
핵심은 단 하나 - 3.3%는 ‘최종 세금’이 아니라 ‘임시 원천징수 세금’이라는 점이다.
1. 원천징수는 ‘대납’이지 ‘납부 완료’가 아니다
원천징수란 소득을 지급할 때 소득자의 세금을 사업주가 대신 납부하는 제도다.
즉, 세금의 주체는 소득자이며, 사업주는 단지 행정 편의를 위해 대신 납부할 뿐이다.
따라서 원천징수는 세금의 ‘끝’이 아니라 ‘선납’에 불과하다.
사업 소득자(3.3%)의 구조를 예로 들어보자.
의사가 받은 100%의 소득 중에서 3.3%는 세무서와 구청에 미리 납부되고, 나머지 96.7%만 실제로 지급된다.
이때 납부된 3.3%는 종합소득세의 일부(기납부세액)로 처리되며, 1년 동안의 모든 소득을 합산한 뒤 다시 세금을 계산할 때 차감된다.
즉, 세금의 주체는 소득자이며, 사업주는 단지 행정 편의를 위해 대신 납부할 뿐이다.
따라서 원천징수는 세금의 ‘끝’이 아니라 ‘선납’에 불과하다.
사업 소득자(3.3%)의 구조를 예로 들어보자.
의사가 받은 100%의 소득 중에서 3.3%는 세무서와 구청에 미리 납부되고, 나머지 96.7%만 실제로 지급된다.
이때 납부된 3.3%는 종합소득세의 일부(기납부세액)로 처리되며, 1년 동안의 모든 소득을 합산한 뒤 다시 세금을 계산할 때 차감된다.
2. 종합소득세는 ‘1년치 총소득’으로 계산된다
종합소득세는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지 발생한 모든 소득을 합산하여 계산한다.
A병원, B병원, C병원 등 여러 병원에서 받은 소득이 모두 합산되어 누진세율이 적용된다.
즉, 병원이 다르다고 해서 세금이 따로 계산되는 것이 아니라, 한 사람의 총소득으로 계산된다는 점이 핵심이다.
A병원, B병원, C병원 등 여러 병원에서 받은 소득이 모두 합산되어 누진세율이 적용된다.
즉, 병원이 다르다고 해서 세금이 따로 계산되는 것이 아니라, 한 사람의 총소득으로 계산된다는 점이 핵심이다.
3. 실제 사례로 보는 세금 계산 구조
다음은 한 페이 원장이 1년간 네 곳의 병원에서 매월 세전 1,200만 원씩 (총 1억 4,400만 원)을 3.3% 원천징수 사업소득으로 받은 사례다.
결국 매달 원천징수된 3.3%(396,000원)는 ‘세금의 일부’에 불과하며, 종합소득세 신고 시 나머지 약 3천만 원 이상을 추가로 내야 하는 구조다.
이는 극단적 예시이지만, 실제로도 대부분의 프리랜서 의사들이 비슷한 세율 차이로 인해 수백만~수천만 원의 추가 납부 고지서를 받는다.
이는 극단적 예시이지만, 실제로도 대부분의 프리랜서 의사들이 비슷한 세율 차이로 인해 수백만~수천만 원의 추가 납부 고지서를 받는다.
4. 누진세율 구조, 왜 이렇게 차이가 날까?
종합소득세는 구간별 누진세율을 적용한다.
아래 표는 2025년 기준 세율 구간이다.
아래 표는 2025년 기준 세율 구간이다.
즉, 여러 병원에서 나눈 소득이라도 합산 총액이 커지면 세율이 급격히 올라가며, 3.3%로는 턱없이 부족한 상황이 발생한다.
5. 3.3%는 ‘세금 완납’이 아니다
결론적으로는 3.3% 원천징수는 세금의 일부 선납분일 뿐, 최종 세금은 5월 종합소득세 신고 때 확정된다.
원천징수된 금액은 나중에 ‘기납부세액’으로 차감되며, 합산된 총소득에 따라 실제 세율이 달라지므로 추가 납부가 거의 필연적이다.
원천징수된 금액은 나중에 ‘기납부세액’으로 차감되며, 합산된 총소득에 따라 실제 세율이 달라지므로 추가 납부가 거의 필연적이다.
3.3%는 세금의 끝이 아니라 시작이다.
원천징수는 ‘대납’이지 ‘납부 완료’가 아니다.
실무 팁: 추가 납부액을 줄이려면
1) 필요 경비를 적극 반영한다.
학회비, 차량유지비, 도서비 등 업무 관련 지출은 과세표준을 줄인다.
2) 누락 소득을 방지한다.
여러 병원에서 일했다면, 홈택스에서 지급명세서를 반드시 확인해야 한다.
3) 세무사 상담으로 세액공제 항목을 검토한다.
의료인 특화 절세 항목(기부금, 의료보험료, 연금저축 등)을 반영하면 세율 부담을 낮출 수 있다.
학회비, 차량유지비, 도서비 등 업무 관련 지출은 과세표준을 줄인다.
2) 누락 소득을 방지한다.
여러 병원에서 일했다면, 홈택스에서 지급명세서를 반드시 확인해야 한다.
3) 세무사 상담으로 세액공제 항목을 검토한다.
의료인 특화 절세 항목(기부금, 의료보험료, 연금저축 등)을 반영하면 세율 부담을 낮출 수 있다.
결론: 3.3%는 ‘보증금’, 진짜 세금은 5월에 계산된다
3.3% 원천징수는 행정 편의상 사업주가 대신 납부하는 ‘보증금’ 개념이다.
따라서 연간 여러 병원에서 수입이 발생한 N잡 의사는
결국 모든 소득이 합산되어 누진세율이 적용된다.
즉, “3.3%만 떼니까 괜찮다”는 생각은 착각이다. 진짜 세금은 5월 종합소득세 신고 때 확정되며, 그때야 비로소 1년간의 ‘정산’이 완성된다.
즉, “3.3%만 떼니까 괜찮다”는 생각은 착각이다. 진짜 세금은 5월 종합소득세 신고 때 확정되며, 그때야 비로소 1년간의 ‘정산’이 완성된다.